臺灣原住民的祖先與血源，根據目前的考古學、語言學及基因研究，主要觀點如下：南島語族（Austronesian）主體： 臺灣原住民屬於「南島民族」，在約 5,000 年前由新石器時代的「大坌坑文化人」延續而來。「出臺灣」假說（Out of Taiwan）： 學術界主流認為，南島語族的最早原鄉可能在臺灣，隨後在幾千年間擴散至東南亞、太平洋島嶼（如紐西蘭毛利人）。血緣多元性： 雖有共同祖源（與大陸東南沿海史前人群有相同血脈），但並不代表直接源自中國漢族，而是具有獨特的遺傳特徵，並與東南亞、玻里尼西亞人有基因上的連結。神話傳說： 原住民各族有不同的起源傳說，如石生說（卑南族、阿美族）、竹生說（卑南族、排灣族）、山那賽（Sanasai）傳說等。