飛魚季中的祭典約略可分成三個階段：第一個階段是出動大船有關的儀式，其次為小船的儀式，最末是結束漁季的儀式。「飛魚託夢」的故事隱含了黑翅飛魚託夢要雅美族人舉行飛魚祭，並透過種種禁忌，讓族人了解重建自然新秩序的重要性。 蘭嶼最為重要的一段神話故事當屬飛魚託夢，傳說海退之後，人們將貝、蟹、飛魚等混著煮食，而產生了很多的病，於是魚神就托夢給一位老人，要他到一個地方去，那老人去後，看到有一條黑翅膀的大飛魚在那兒等他。魚神見到老人之後，就告訴老人正確的食魚方法，老人回到部落後，便以正式的方式在部落舉行傳授此一食魚的方法，其他部落看了，也都來向他們學習，代代相傳之後便形成了現在的飛魚祭典儀式。