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台灣原住民族的祖先主要被認為是南島民族的一支，在17世紀漢人移民台灣之前，就已經在島上活動了約8000年。 考古學、語言學和遺傳學的研究顯示，台灣原住民族與菲律賓、馬來西亞、印尼、馬達加斯加和大洋洲等地的南島民族有密切關聯。
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更有學者進一步推測，台灣的南島語族並非同時渡台，而是至少分五批遷移：最早來的是泰雅族、鄒族，時間大約是距今6500年前；最晚的雅美族，則在500年前才從菲律賓的巴丹島移居。 也就是說，大約在7000年前至今，南島語族開始進行了橫跨大洋的大遷移，才會在今天散佈於太平洋和印度洋中的二萬多個島。
